- Vie et ministère des prêtres
C'est la principale charge du diocèse.
Elle est constituée du traitement des prêtres, des charges sociales (maladie, vieillesse, CSG, CRDS…), des frais liés à l'exercice de leur ministère, des frais d'hébergement des prêtres en maison de retraite. 251 prêtres sont incardinés dans le diocèse de Besançon.

- Salaires et charges des laïcs
En 2008, ils étaient 33, à travailler à temps plein ou temps partiel.

- Dépenses d'évangélisation
Il s'agit du financement ou de l'aide apportée par le diocèse aux Services et Mouvements qui participent à l'évangélisation et assurent une présence de l'Eglise dans le monde.

- Charges immobilières
Contrairement aux idées reçues, l'Eglise n'est pas riche : la mise aux normes de sécurité et les travaux d'entretien des bâtiments représentent une lourde charge.

- Les églises : toutes les églises construites avant 1905 (loi de la séparation de l'Eglise et de l'État) sont la propriété des communes sauf la Cathédrale de Besançon propriété de l'État ;
celles construites après 1905 appartiennent à l'Association Diocésaine.

- Les presbytères : la plupart sont la propriété des communes.

- Les biens paroissiaux : les unités pastorales peuvent disposer de bâtiments à usage pastoral, dont elles sont propriétaires, à moins qu'ils n'appartiennent à une association paroissiale. C'est la communauté chrétienne, par ses dons, qui en assure le fonctionnement et les frais d'entretien.

- Les biens diocésains : certains immeubles, et notamment les maisons d'accueil diocésaines, appartiennent à l'Association Diocésaine et sont gérés par le diocèse en lien avec les responsables locaux.
Ne sont conservés dans le patrimoine du diocèse que les immeubles indispensables à la mission de l'Eglise.